8 lutego 2013 r. wszedł w życie nowy statut URE nadany przez Ministra Gospodarki zarządzeniem z 6 lutego br. Zmieniona struktura organizacyjna to przede wszystkim utworzenie departamentów w układzie odniesionym do poszczególnych obszarów energetyki. Zmiany zostały wprowadzone w celu m.in. dostosowania struktury organizacyjnej do przyjętego zarówno w III pakiecie liberalizacyjnym, jak i prawodawstwie krajowym podziału sektorowego rynków paliw i energii.

W skład Urzędu wchodzą następujące komórki organizacyjne i wyodrębnione stanowiska:
1)   Departament Rynków Energii Elektrycznej i Ciepła;
2)   Departament Rynków Paliw Gazowych i Ciekłych;
3)   Departament Rozwoju Rynków i Spraw Konsumenckich;
4)   Departament Systemów Wsparcia;  
5)   Departament Strategii i Komunikacji Społecznej;
6)   Departament Prawny i Rozstrzygania Sporów;
7)   Biuro - Centrum Koordynacji Rozwoju Inteligentnych Sieci;
8)   Biuro Dyrektora Generalnego;
9)   Stanowisko do Spraw Współpracy Międzynarodowej;
10) Stanowisko do Spraw Ochrony Informacji Niejawnych;
11) Stanowisko do Spraw Audytu Wewnętrznego.

W skład Urzędu wchodzą również:
1)   Oddział Centralny w Warszawie;
2)   północno-zachodni oddział terenowy z siedzibą w Szczecinie;
3)   północny oddział terenowy z siedzibą w Gdańsku;
4)   zachodni oddział terenowy z siedzibą w Poznaniu;
5)   wschodni oddział terenowy z siedzibą w Lublinie;
6)   środkowo-zachodni oddział terenowy z siedzibą w Łodzi;
7)   południowo-zachodni oddział terenowy z siedzibą we Wrocławiu;
8)   południowy oddział terenowy z siedzibą w Katowicach;
9)   południowo-wschodni oddział terenowy z siedzibą w Krakowie.

Zarządzenie Ministra Gospodarki z dnia 6 lutego 2013 r. w sprawie nadania statutu Urzędowi Regulacji Energetyki